Suomessa arvokkaiden erilaisten uhanalaisten eläin- ja kasvilajien suojelusta, hoidosta ja seurannasta vastaa Metsähallitus. Metsähallituksen vastuu yltää kaikille niille alueille, jotka kuuluvat valtion maille. Tästä syystä Metsähallituksen rooli erilaisten luontotyyppien ja eläinlajien suojelemisessa on valtava, sillä suurin osa Suomen metsästä on valtion omistamilla mailla.
Metsähallituksen pääasiallisena tehtävänä luonnonsuojelun kannalta on muun muassa kerätä tietoa, seurata muutoksia sekä tarvittaessa myös hoitaa näitä alueita. Tehtävän päämääränä on turvata mahdollisimman tehokkaasti Suomen eläin- ja kasvilajien sekä arvokkaiden luontotyyppien monimuotoisuuden säilyminen.
Luontotyyppien suojelu
EU:n luontodirektiivissä on listattu yhteensä 69 arvokasta Suomen luontoon kuuluvaa luontotyyppiä, eli elinympäristöä, joista taas 14 eri tyyppiä on suojeltava ensisijaisesti. Näiden luontotyyppien suojelemiseksi Metsähallitus on perustanut Natura 2000 -nimeä kantavia alueita.
Luontotyyppien suojelussa Metsähallituksen tehtävänä on kerätä tärkeitä tietoja näiden luontotyyppien sijainnista ja edustavuudesta, sekä edistää niiden suojelua erilaisten toimenpiteiden kautta. Tietojen aktiivinen kerääminen vaikuttaa merkittävällä tavalla luonnonsuojelun tehokkuuteen, sillä näiden tietojen perusteella Metsähallitus pystyy keskittämään suojelu- ja hoitotoimensa oikeille alueille ja rajoittamaan liikkumista ja retkeilyä kaikkein herkimmillä alueilla. Lisäksi näitä tietoja käytetään luonnonsuojelun kannalta olennaiseen tutkimukseen ja tilanteen seurantaan.
Lajien suojelu
Lajien suojelussa ja hoidossa Metsähallitus keskittyy erityisesti uhanalaisiin sekä EU:n lintu- ja luontodirektiivin listaamiin lajeihin. Lisäksi Metsähallitus panostaa tärkeimpien suojelualueiden ulkopuolella eläviin harvinaisiin lajeihin sekä pyrkii turvaamaan helposti häiriintyvien tai keräilyvaarassa olevien lajien säilyvyyden.
Muita merkittäviä luonnonsuojelun kohteita ovat ne lajit, joiden kanta suojatuilla alueilla on hyvin pieni ja jotka ovat vaarassa kadota alueelta kokonaan. Metsähallituksen suorittama luonnonhoito ja suojeltujen alueiden ennallistaminen auttaa puolestaan luomaan näille lajeille uusia ja sopivampia elinympäristöjä, joissa ne voivat kasvaa ja lisääntyä rauhassa.
Metsähallituksen piiriin kuuluvat nisäkkäiden ja lintujen suojelun lisäksi selkärangattomat lajit ja kalat sekä sienet ja kasvit. Vaikka kaikkien lajien säilyvyys pyritään takamaan, Metsähallitus on painottanut resurssinsa erityisesti luonnonsuojeluasetuksessa määriteltyihin erityisesti suojeltaviin lajeihin. Nämä erityisesti suojeltavat lajit taas voidaan jakaa kolmeen eri luokkaan uhanalaistarkastelun näkökulmasta: Vaarantunut (VU), Erittäin uhanalainen (EN) ja Äärimmäisen uhanalainen (CR). Onkin tärkeää, että sellaisten alueiden, joissa näitä erityisesti suojeltavia lajeja esiintyy, ei hävitetä eikä heikennetä ollenkaan.